Фамилия Низеньковых — яркий пример «семейной» русской фамилии, образованной от прозвища через суффикс -ов. Сразу бросается в глаза необычная форма: это не стандартное Низеньков, а Низеньковых. Такое окончание на -ых (в родительном падеже множественного числа) характерно для северных и северо-восточных регионов России, особенно для Архангельской, Вологодской областей и части Сибири, куда переселялись выходцы оттуда. В отличие от «великорусских» фамилий на -ов/-ев (Низеньков), форма на -ых застыла и не склоняется, указывая на принадлежность к целому роду: «из дома Низеньких».

Основа фамилии прозрачна — прилагательное «низенький», то есть очень невысокого роста. Прозвище Низенький давали человеку за его маленький рост, причём с оттенком скорее описательным или даже ласковым, чем обидным (уменьшительный суффикс -еньк- смягчает характеристику). В русских говорах слово «низенький» могло также означать «приземистый», «коренастый» — не просто низкий, а плотный, сбитый.

По словообразовательной модели фамилия Низеньковых — типичная для XVII–XIX веков, когда прозвища на -енький (Милый — Миленький, Рыжий — Рыженький) превращались в фамилии. В данном случае суффикс -ов присоединился к основе Низеньк-, дав форму Низеньков, а затем, через патронимическую конструкцию («чей?» — Низеньковых), закрепился в родительном падеже. Это редкий случай, когда фамилия сохранила не только прозвищный корень, но и архаичную грамматическую форму.

О сословном происхождении носителей фамилии судить сложно: прозвище по внешности могло появиться в любой среде — от крестьян до мелких служилых людей. Однако форма на -ых чаще встречалась у крестьянства и купечества северных губерний, где фамилии закрепились позже, чем в центральной России. В документах XIX века Низеньковы (и их вариант Низеньких) фиксируются в Вятской, Пермской и Костромской губерниях — регионах, где «низенький» как прозвище было особенно распространено из-за местного антропологического типа.

Главная особенность фамилии Низеньковых — её «застывшая» форма, которая сразу выдает северное происхождение рода. Если встретите человека с такой фамилией, скорее всего, его предки были родом из Поморья или Приуралья, где говорили не «Низеньковы», а «Низеньковых».