Фамилия Низяев образована от прозвища Низяй, и в этом имени спрятано сразу несколько возможных историй предка. Проще всего объяснить прозвище через связь с «низом»: так могли назвать человека, пришедшего с низовьев реки или из нижних, южных земель. В актах С. Б. Веселовского встречаются родственные прозвища: Низовец Васильевич Уваров, XVI век, Смоленск, а также Иван Тверитин и Никита Денисов Низовцевы, середина XVI века, Зубцов. Судя по этим записям, прозвища с корнем «низ» были в ходу в центральных и западных русских землях, и Низяй вполне могло быть их сокращённой, ласкательной формой.

Но есть и другая версия, связанная с внешностью. Низяем в насмешку могли прозвать человека маленького роста — «низкого» в прямом смысле слова. Такие прозвища по физическим особенностям на Руси давали легко и без обид, и они закреплялись за родом на века.

Самая неожиданная трактовка уводит в мир ремёсел. В основе прозвища может лежать слово «низь» — старинный способ вышивания, при котором узор сначала прокладывают чёрной или красной нитью с изнаночной стороны, а затем заполняют остальными цветами с лицевой. Если предок был искусным вышивальщиком, владеющим этой техникой, его вполне могли называть Низяем по роду занятий. Эта версия менее очевидна, но именно она делает фамилию по-настоящему уникальной: за ней может стоять не просто прозвище, а профессиональное прозвание мастера.

Какую бы версию ни выбрать, механизм появления фамилии одинаков: потомки человека по прозвищу Низяй со временем стали писаться Низяевыми. Суффикс -ев указывает на принадлежность роду, то есть буквально фамилия отвечает на вопрос «чей?» — сын Низяя. Сегодня фамилия встречается нечасто, что неудивительно: прозвища, лёгшие в её основу, были разговорными и местными, а не книжными или церковными.