Фамилия Новикоов — редкий вариант написания, который почти не встречается в современных справочниках. Обычно её записывают как Новиков, и именно эта форма вошла в десятку самых распространённых русских фамилий. Двойное «о» в суффиксе — скорее всего, описка или результат неграмотной записи в документах, когда писарь на слух передал протяжное произношение: «Новикооф». Такое бывало в XIX — начале XX века, особенно в сельских приходах, где грамотность была низкой.

Если отбросить орфографическую случайность, основа фамилии прозрачна: «новик». В допетровской Руси так называли молодого дворянина, только начавшего службу, или нового рекрута. В более широком смысле — любого новичка, недавно появившегося в общине, деревне или ремесленной артели. Слово «новик» активно употреблялось в XVI–XVII веках, а фамилии на -ов от него начали массово оформляться после отмены местничества и введения подушной переписи.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: Новиков — сын Новика, то есть потомок человека, которого прозвали за новизну. Среди однокоренных фамилий — Новицкий (с польским суффиксом), Новичков, Новинский. Но Новиков остался самым частотным, потому что прозвище Новик не было редким: его давали и переселенцам, и молодым работникам, и солдатам-новобранцам.

Географически фамилия Новиков рассредоточена по всей России, но заметно чаще встречается в северных и центральных губерниях — Архангельской, Вологодской, Ярославской, Костромской. В тех же краях фиксировались и «новики» как сословная группа: так называли свободных крестьян, которые недавно поселились на новом месте и ещё не были приписаны к тяглу. Возможно, предки носителей фамилии Новикоов (если это не опечатка) происходили именно из таких семей — недавних пришлых людей, получивших прозвище по своему положению.

Таким образом, за нестандартным написанием Новикоов стоит обычная история: прозвище Новик, суффикс принадлежности и случайная описка, закрепившаяся в документах. По сути, это та же фамилия, что и Новиков, только с графическим курьёзом.