Фамилия Нягуков — одна из тех, где разбор упирается в неочевидную основу. На слух она кажется тюркской или кавказской, но суффикс -ов указывает на русскую модель образования, а значит, перед нами адаптированная фамилия, которую дали по прозвищу или имени предка. Ключ к пониманию — корень «нягук».

Скорее всего, Нягук — это русифицированная форма тюркского имени или прозвища. В тюркских языках (ногайском, кумыкском, карачаево-балкарском) есть основа «няг» или «няк», связанная со значением «блеск», «сияние», «свет». Например, у карачаевцев и балкарцев встречается имя Няг (Някъ) как ласкательное или сокращённое. Суффикс -ук в тюркских именах часто уменьшительный или указывает на принадлежность: Нягук могло означать «маленький светлый» или «сын сияющего». Когда такой человек оказывался в русскоязычной среде, его прозвище записывали на слух и добавляли русский патронимический суффикс -ов: Нягуков — «сын Нягука».

Есть и другая, менее вероятная версия — от глагола «нягать» (диалектное, означающее «ныть», «капризничать» или, наоборот, «кричать»). В северных и сибирских говорах «няга» — плакса, нытик. Тогда Нягук — человек с таким характером. Но эта гипотеза слабая: прозвища от «няги» редки, а фамилия Нягуков встречается в основном на юге России и Северном Кавказе, где тюркское влияние сильнее.

География фамилии подтверждает тюркскую версию. Носители Нягуковых сосредоточены в Ставропольском крае, Кабардино-Балкарии, Карачаево-Черкесии, есть в Ростовской области. Это регионы, где веками жили ногайцы, карачаевцы, балкарцы, и русские фамилии с тюркскими корнями там обычны. В XIX веке, при переписях и крещении, многие горцы получали фамилии по имени отца, оформленные по-русски.

Однокоренные фамилии — Нягов, Нягин, Нягу — встречаются редко и тоже привязаны к Кавказу. Нягуков выделяется суффиксом -ук, который в русской ономастике нехарактерен, но в тюркских заимствованиях встречается (ср. Чубуков, Казануков). Социально предки Нягуковых могли быть крестьянами, казаками или горцами, перешедшими в русское сословие. Точных данных о дворянстве или известных личностях нет — фамилия осталась в тени, но именно такие «простые» фамилии лучше всего сохраняют память о языке и быте предков.