Фамилия Обер в русском контексте почти всегда имеет немецкие корни, хотя путь, которым она пришла в Россию, мог быть разным. В основе лежит прозвище, а не крестильное имя, и это сразу говорит о том, что предки носителя фамилии получили её не по отцу, а по какому-то характерному признаку — месту жительства, занятию или положению в общине.

Самая распространённая трактовка отсылает к немецкому слову ober (в старых диалектах — obar), что значит «над» или «верхний». Так могли назвать человека, который жил в верхней части деревни, на холме, либо занимал верхний этаж в многоквартирном доме — в те времена это было заметной деталью, отличавшей соседей друг от друга. Противоположный случай — фамилия Нидер, от немецкого nieder («низ»), которая часто встречается в тех же регионах, так что пара Обер/Нидер могла разделять жителей одного села по рельефу.

Вторая версия, менее очевидная, но тоже имеющая право на существование, ведёт к средненижненемецкому слову Over — «река». Если предок жил на берегу, его могли прозвать по этому признаку, и при переходе в верхненемецкий диалект или при записи писарем звук [v] легко превратился в [b], дав привычное нам Обер. Такая путаница встречалась часто, потому что в разных немецких землях одно и то же слово произносили по-разному.

Отдельно стоит сказать о еврейском варианте. У ашкеназских евреев, живших в Германии и Восточной Европе, фамилия Обер могла восходить к немецкому существительному Ober в значении «старший, главный». В этом случае она нередко указывала на должность — например, на старосту общины или раввина. Но, как и в случае с русскими фамилиями, образованными от званий, не стоит воспринимать это буквально: часто такое именование давали просто как благозвучное, без претензии на реальный статус. К тому же в еврейской среде фамилии часто были искусственными, присвоенными при переписях, и выбирали их по принципу красоты или символики.

Что касается русского бытования, фамилия Обер встречается преимущественно у потомков немцев-колонистов, переселившихся в Поволжье и на юг России в XVIII–XIX веках, а также у обрусевших семей балтийских немцев. В этом контексте она не несёт никакого сословного оттенка — её носили и крестьяне, и ремесленники, и городские жители. Слово «обер» в русском языке ассоциируется с военными и придворными чинами (обер-офицер, обер-гофмейстер), но к фамилии это отношения не имеет — она старше этих заимствований и образована от более простого бытового корня.

Морфологически фамилия неизменяема и не имеет русского суффикса, что типично для поздних заимствований. Если бы её русифицировали, мы бы увидели формы вроде Оберов или Оберкин, но в документах она сохранилась в исходном виде. Это делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если ваш предок носил фамилию Обер, почти наверняка в его семье был немецкий или еврейский след, и искать корни стоит в лютеранских метрических книгах или записях еврейских общин.