Фамилия Обернов — один из тех случаев, где внешне русская форма скрывает нерусскую основу. На первый взгляд она похожа на множество фамилий на -ов, образованных от прозвищ или прилагательных: Оберн, Оберный, Оберной. Но при ближайшем рассмотрении выясняется, что корень здесь не славянский, а немецкий или, шире, западноевропейский.

В основе фамилии лежит немецкое слово «Ober» (обер) — «старший», «главный», «верхний». В России XVIII–XIX веков это слово было распространено в чиновничьей и военной среде: обер-офицер, обер-прокурор, обер-камергер. Прозвище Обер могли дать либо человеку, занимавшему такую должность (например, обер-офицеру, вышедшему в отставку и осевшему в деревне), либо, что вероятнее, выходцу из немецких колонистов, которых массово приглашали в Россию при Екатерине II. Фамилия Обернов могла возникнуть как русификация немецкой фамилии Обер (Ober) или Оберн (Obern) — добавление типичного русского суффикса -ов превращало её в «Обернов», то есть «сын Обера».

Менее вероятна, но возможна версия от прозвища Оберн, связанного с диалектным глаголом «обернуть» или «обернуться» — так могли назвать изворотливого, ловкого человека. Однако эта гипотеза слабее: для такого значения естественнее было бы образование Обертышев или Обернин, а не Обернов.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: Обернов буквально значит «чей? — Обернов», то есть из рода Обера. По сословному составу фамилия неоднородна: среди Оберновых встречаются и потомки обрусевших немцев-дворян, и крестьяне, получившие фамилию от прозвища помещика или священника. Географически фамилия тяготеет к центральным и южным губерниям России, где селились немецкие колонисты, — Поволжье, Новороссия, а также к Санкт-Петербургской губернии с её высокой концентрацией иностранных чиновников.

Однокоренные фамилии — Обер, Оберман, Оберг, Оберучев — подтверждают, что корень «обер» в русском ономастиконе связан именно с немецким влиянием, а не с исконно славянской лексикой.