Фамилия Обернина — женская форма, а в её основе лежит мужская фамилия Обернин. На первый взгляд, корень кажется необычным, но разгадка лежит на поверхности: он связан с географическим названием или прозвищем.

Самый прямой путь к объяснению — топоним Оберниха. В русской ономастике суффикс -их(а) часто служил для образования названий мест по характерному признаку (например, Горелиха, Крутиха). Оберниха — это, скорее всего, название деревни, речки или урочища, а жителя такой местности называли «обернинским» или просто «обернин». Со временем прозвище по месту жительства превратилось в фамилию: «Обернин» — тот, кто родом из Обернихи. Суффикс -ин здесь указывает на принадлежность: «чей?» — обернин, то есть человек из того места.

Вероятно, Обернина — фамилия северного или вятского происхождения. Названия на -иха особенно характерны для Архангельской, Вологодской, Кировской областей и Урала. Там же распространена модель образования фамилий от названий деревень на -их(а). Сравните с фамилиями Кузнечихин (от Кузнечиха), Глушихина (от Глушиха).

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «обернуть» или «оберня» (в некоторых говорах — поворот, излучина реки). В этом случае прозвище Оберня мог получить человек, живший на повороте реки или дороги. Однако топонимическая версия выглядит правдоподобнее, так как суффикс -их(а) в основе фамилии — почти всегда маркер названия места, а не личного прозвища.

Сословная принадлежность Оберниных не определяется однозначно. В крестьянской среде, особенно среди государственных (не крепостных) крестьян Севера, фамилии по названиям деревень были нормой. Дворянских родов с такой фамилией в исторических источниках не обнаружено.

Итак, фамилия Обернина говорит о том, что её родоначальник жил в местности Оберниха или носил прозвище Оберня. В любом случае, корень слова завязан на русский географический ландшафт и народную манеру называть урочища.