Фамилия Оботина образована от женского имени, что для русских фамилий редкость, но не исключение. В её основе лежит имя Обота — уменьшительная форма от Авдотья (народный вариант Евдокии) или, реже, от Олимпиада. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Оботин — значит «сын Оботы» или, что точнее, «человек из семьи Оботы». В крестьянском быту, где женщина часто оставалась главой дома после смерти мужа или вела хозяйство, фамилии по матери давали нередко, особенно в северных и центральных губерниях России.

Разбирать фамилию как «оботин» — от слова «обота» (тот, кто обут, обутый) — не стоит. Это народная этимология, которая не подтверждается ономастикой: прозвища от глагола «обуть» в русском языке образовывались иначе (например, Обухов, Обувалов). Корень здесь именно антропонимический, от канонического имени.

Географически фамилия Оботина встречается разрозненно, но чаще всего в документах XVII–XIX веков она фиксируется в Вологодской, Архангельской и Пермской губерниях — в тех краях, где жили старообрядцы и где женские именные фамилии на -ин были особенно распространены. Это добавляет версии с Авдотьей вес: имя Евдокия было в ходу именно в староверческой среде.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Оботин, Оботины — показывает, что форма Оботина возникла как матроним: предок по женской линии оставил потомству не отчество, а «материнство». Такие фамилии — живое свидетельство того, что в русской деревне статус женщины мог быть выше, чем принято думать, и её имя закреплялось за целым родом.