Фамилия Оконишникова — женская форма фамилии Оконишников, и разбирать её стоит через мужской вариант, как это принято в русской ономастике. Основа фамилии — слово «око» (глаз), но не прямое, а через суффиксальное образование. На первый взгляд, корень «окон-» может напомнить об окне, но это неверный ход: в русских фамилиях от слова «окно» образованы Оконников, Оконов, а здесь иная модель.

Фамилия Оконишников восходит к прозвищу Оконишник. Суффикс «-ишн-» в нём указывает на увеличительную или пренебрежительную форму: «око» → «оконище» (большой или необычный глаз). Прозвище Оконишник могли дать человеку с заметными, крупными глазами, либо тому, кто часто щурился или таращился. В русских говорах «окониться» означало «выглядывать, высматривать», так что прозвище могло закрепиться за любопытным или зорким наблюдателем.

Словообразовательная модель типична для северных и центральных регионов России: суффикс «-ник» (указывает на лицо по признаку) + фамильный суффикс «-ов». Фамилия Оконишников — довольно редкая, её нет в массовых списках распространённых русских фамилий. Встречается она в основном на Урале и в Зауралье, куда в XVII–XVIII веках переселялись крестьяне из Поморья и Вятки. В тех краях слово «око» сохранялось в народной речи дольше, чем в центральных губерниях.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает прояснить картину. Оконишников стоит в ряду с Окоёмов (от «окоём» — горизонт), Окулов (от Окул — вариант имени Акула, но с народной этимологией «глазастый»), Окатов (от «окатый» — круглоглазый). Но в отличие от них, Оконишников — не от имени или географического термина, а от чистого прозвища, что делает его более живым и конкретным: предок явно выделялся внешностью или манерой смотреть.

В дореволюционных записях фамилия почти не фиксируется — это говорит о её преимущественно крестьянском происхождении, без дворянских корней. Носители Оконишниковых, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, и фамилия закрепилась за ними при переписях XIX века, когда прозвища окончательно стали наследственными.