Омельян — это не самостоятельное имя, а народная, обиходная форма крестильного имени Емельян. Такое превращение — не редкость для древнерусской почвы: начальное «е» в безударной позиции часто переходило в «о», и имя Емельян на слуху звучало как Омельян. В этой форме оно закрепилось на Украине и в Белоруссии, откуда и пошли фамилии Омельян, Омельяненко, Омельчук и другие.

Само имя Емельян восходит к греческому слову со значением «льстивый», хотя исследователи допускают и латинский след — «соперник, участник соревнований». Вторая версия выглядит правдоподобнее: в греческом именнике встречается родственное имя с таким смыслом, а «льстивый» — скорее позднее переосмысление, которое закрепилось в народной этимологии.

Фамилия Омельян — редкий случай, когда в основу легла не полная форма имени, а именно сокращённая, разговорная. Суффикса здесь нет: фамилия совпадает с самим именем, как это бывает с прозвищами и народными формами. Такая модель встречается реже, чем привычные Омельянов или Омельяненко, поэтому носители фамилии Омельян, скорее всего, происходят из мест, где имя было особенно распространено, — из украинских и белорусских губерний.

Предки человека с фамилией Омельян могли быть кем угодно: имя не указывает на сословие или ремесло. Но сама форма подсказывает, что закрепилась она в среде, где говорили живо, по-народному, не оглядываясь на церковное книжное произношение. Это типичная крестьянская или казацкая фамилия, которая возникла не в канцелярии, а в устной речи, когда человека называли просто по имени, без отчества и прибавок.