Фамилия Пачанин — редкий случай, когда прозвище перешло в наследство почти без изменений, сохранив свою исходную форму. В основе лежит слово «пачан» — так в южнорусских и украинских говорах называли паука-сенокосца или, реже, самого паука вообще. Прозвище Пачан могли дать человеку с длинными, немного неловкими руками, тонкими ногами или особой, «паучьей» цепкостью. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Пачанин — это «сын Пачана» или «человек из семьи Пачана».

Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины, особенно к бывшим землям Войска Донского и Кубани. Там слово «пачан» было в ходу, а местные говоры часто редуцировали окончания, превращая «Пачанов» в «Пачанин» под влиянием украинского произношения. Встречается фамилия и в Белоруссии, где «павук» (паук) мог звучать иначе, но прозвище по схожему принципу давали неловким или суетливым людям.

Другая, менее вероятная версия связывает основу с диалектным «пачкать» или «пачка», но она слабая: суффикс -ан обычно образует названия существ или предметов, а не действий. Если бы фамилия пошла от глагола, она звучала бы как Пачканин или Пачкин. Поэтому версия с пауком остаётся основной.

Сословно Пачанины в большинстве были крестьянами или казаками. В ревизских сказках XIX века эта фамилия изредка мелькает в Воронежской и Харьковской губерниях. Известных носителей с громкой исторической ролью нет — фамилия осталась в тени, что типично для прозвищных фамилий, не попавших в дворянские родословные книги.