Фамилия Падишин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей — с суффиксом принадлежности -ин. Этот суффикс указывает на происхождение от отца или главы семьи: чей? — Падишин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Падиша, Падиша, Падиш. Основа фамилии — слово «падишах», которое пришло в русский язык из персидского (pādšāh — «владыка, государь») через тюркские языки. В тюркской среде «падишах» означало верховного правителя, султана, императора. Однако в русских говорах и в быту это слово могло приобрести ироничный или прозвищный оттенок: падишой или падишей в шутку называли важного, гордого или заносчивого человека, который «держал себя как царь».

Словообразовательная цепочка здесь необычная: от «падишах» отсекли конечное -ах, и основа превратилась в «падиш». Затем к ней добавили фамильный суффикс -ин. Такая редукция характерна для устной речи: длинное иноязычное слово обрубали до удобного произносительного минимума. В результате получилась фамилия, которая звучит как отчество от прозвища Падиш.

Географически фамилия Падишин редкая и локальная. В дореволюционных источниках она встречается преимущественно в южнорусских и поволжских губерниях — там, где было сильное влияние тюркских языков и где слово «падишах» было на слуху. Встречаются также варианты написания через «а»: Падишахин, Падишаев. Но форма Падишин — самая лаконичная и, вероятно, самая старая.

Сословно носители фамилии, скорее всего, происходили из крестьян или мещан. Прозвище Падиш не могло возникнуть в дворянской среде — там бы его восприняли как неуважение к титулу. Зато в крестьянской или посадской общине такое прозвище давали либо с насмешкой (человек важничал), либо с уважением (крепкий хозяин, «царь» в своем доме). Второй вариант менее вероятен, но не исключён: в некоторых говорах «падиша» могли назвать работящего и удачливого мужика.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Падишахин, Падишаев, Падишев — то Падишин стоит особняком. У неё нет суффикса -ев или -ов, которые обычно указывают на тюркское происхождение основы (Падишаев буквально «сын падишаха»). Суффикс -ин здесь «свой», русский, что говорит о полной ассимиляции прозвища: его уже не воспринимали как восточное слово, а переделали на русский лад. Это косвенно указывает на то, что предок-носитель прозвища был русским или глубоко обрусевшим человеком, а не пришлым тюрком.