Фамилия Пакишин — редкий случай, когда суффикс сразу выдаёт географию происхождения. Модель на -ихин (Пакиш + ин) характерна для северных и северо-восточных областей России: Архангельской, Вологодской, Вятской губерний. В этих краях фамилии часто образовывали от прозвищ или имён, заканчивающихся на шипящий, добавляя патронимический суффикс -ин, но с характерной вставкой «их». Так Павел мог стать Пакишей, а его сын — Пакишиным.

Основа фамилии — прозвище Пакиша. Его корень, скорее всего, восходит к диалектному глаголу «пакать» или «пачить». В северных говорах это означало «делать что-то небрежно, плохо, на скорую руку» или «пачкать, марать». Соответственно, Пакишей могли прозвать неаккуратного человека, неряху или того, кто работал кое-как. Вторая, менее вероятная версия, связывает прозвище с именем Пахом (в просторечии Пахомка, Пахомушка), которое в бытовой речи могло стянуться до формы Пакиша — через промежуточное «Пахыша» или «Пакиша» под влиянием аканья.

Фамилия очень редкая. Встречается в основном в тех же регионах, где бытует суффикс -ихин: в Кировской области, Пермском крае, а также в Сибири, куда переселенцы увозили свой говор. В официальных документах XIX века носители Пакишиных числились в основном государственными крестьянами и мещанами. Никаких дворянских ветвей у этой фамилии нет — она насквозь народная, крестьянская.

Сравнение с однокоренными фамилиями подтверждает диалектную природу: Пакин, Паков, Пакулин — все они образованы от тех же глагольных корней, но с разными суффиксами. Пакишин стоит особняком именно благодаря редкой модели «на -ихин», которая для исследователя фамилий — верный маркер поморского или вятского происхождения предка.