Фамилия Пакишева — женская форма фамилии Пакишев, и в её основе лежит прозвище или мирское имя, которое когда-то дали предку. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать корень «пакиш-». Самая правдоподобная версия связывает его с диалектным словом «пакиш» — так в некоторых русских говорах, особенно на севере и в Сибири, называли небольшую рыбку, обычно пескаря или мелкую плотву. Прозвище Пакиш могли дать невысокому, юркому человеку или тому, кто промышлял рыбной ловлей. В этом случае фамилия относится к «рыбным» прозвищам, как Ершов, Карасев или Окунев.

Суффикс «-ев» в мужской форме Пакишев указывает на типичную модель образования русских фамилий: от прозвища на -ш (Пакиш) прибавляли притяжательный суффикс, означающий «чей?» — «сын Пакиша». Женская форма, соответственно, указывает на принадлежность к роду Пакишевых.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с глаголом «пакинуть» (бросить, оставить) или «пакать» (пачкать, марать) в диалектном значении. Однако такие основы реже дают прозвища, и для фамилии Пакишев «рыбная» этимология выглядит убедительнее, тем более что она находит параллели в фамилиях вроде Пакулин или Пакушев. Географически фамилия встречается в основном в центральных и северных регионах России, что подтверждает её связь с местными говорами. Никакого отношения к тюркским или другим иноязычным корням она не имеет — это чисто русская фамилия, образованная от бытового прозвища.