Фамилия Папишин — пример редкой модели, где основа и суффикс указывают на происхождение не от имени отца, а от прозвища матери. Суффикс -ин в русских фамилиях обычно означает «чей?», «сын кого?», но в данном случае он присоединён не к мужскому имени, а к женскому слову Папиша. Это неканоническое, бытовое прозвище, скорее всего, произносительное смягчение от Папа или Папка. В русских диалектах, особенно северных и южнорусских, «папой» могли называть не только отца, но и старшего уважаемого мужчину, священника или даже деда. Соответственно, «Папиша» — это уменьшительно-ласкательная форма от такого прозвища, а фамилия Папишин означает «сын Папиши» или «потомок того, кого звали Папишей».

Словообразовательная конструкция здесь необычна: фамилий на -шин от женских имён (вроде Машин, Дашин) много, но от прозвищ на -иш- — редкость. Это намекает на то, что прозвище Папиша могло быть дано не ребёнку, а взрослому человеку за какой-то характерный признак, манеру речи или отношение к окружающим. Возможно, так называли человека, который вёл себя по-отечески или постоянно упоминал отца в разговоре.

Географически фамилия встречается крайне редко. Основные следы ведут в южные регионы России — в Воронежскую и Ростовскую области, а также в восточную Украину. В этих местах диалектное «папа» в значении «батюшка» было распространено, и фамилия могла возникнуть независимо в нескольких сёлах. Второй, менее вероятный вариант — происхождение от тюркского корня папиш (детское слово, означающее «писать», «мочиться»), но тогда фамилия звучала бы как Папишев, а не Папишин.

Сравните с однокоренными фамилиями: Папин (от отчества), Папов (от прозвища «папа»), Папичев (с суффиксом -ич, указывающим на потомка). Папишин стоит особняком — он образован не от имени, а от прозвища, которое само по себе было ласкательным или ироничным. Никаких сведений о дворянском происхождении или массовом распространении нет: это типичная крестьянская или мещанская фамилия, закрепившаяся в одной-двух местностях.