Фамилия Пакалев — редкий пример, где прозвище, лёгшее в основу, почти стёрлось, оставив лишь словообразовательные следы. В ней отчётливо видна модель с суффиксом -ев, который присоединялся к основам на мягкий согласный или -й. Это указывает, что фамилия образована от прозвища или имени Пакаль, Пакал, либо от более древнего прозвища Паколь.

Самая правдоподобная версия связывает основу с диалектным словом «пакать» — в некоторых русских говорах (особенно северных и сибирских) это означало «пачкать, марать, грязнить». Человек по прозвищу Пакаль — тот, кто пачкается, неопрятный, или же, в переносном смысле, работник, чья работа связана с грязью (печник, гончар, землекоп). Суффикс -аль характерен для прозвищ от глаголов (ср. Ломаль, Копаль, Стрекаль), поэтому Пакаль — естественное образование от «пакать».

Менее вероятна, но возможна связь с коми-пермяцким или удмуртским словом «пакаль» — в этих языках так могли называть гриб-трутовик или что-то рыхлое, губчатое. Тогда прозвище мог получить человек с мягким, «рыхлым» характером или сборщик грибов. Однако географически фамилия Пакалев встречается не в зоне активного финно-угорского субстрата, а скорее в центральных и южных регионах России, что склоняет чашу весов к славянской глагольной основе.

Сама фамилия — относительно поздняя, скорее всего, крестьянская или мещанская. Суффикс -ев, а не -ов, указывает, что основа прозвища оканчивалась на мягкий согласный (Пакаль → Пакалев). В старых переписях фамилия не фиксируется в дворянских родословных книгах, что подтверждает её простонародное происхождение: предок носителя фамилии, скорее всего, был рядовым земледельцем или ремесленником, получившим уличное прозвище за манеру работать или небрежность в одежде.