Фамилия Пахина в своей основе имеет прозвище или мирское имя, образованное от слова «паха». В русских говорах и в древнерусском языке «паха» означала «рот, уста» или «губа», а в переносном смысле — «обжора», «крикун», «человек с большим ртом». Слово встречается в старинных памятниках: в Новгородской летописи XV века упоминается крестьянин Паха, и это имя могло даваться человеку с заметной особенностью — говорливому, громогласному или просто плотно сложенному. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Пахина — буквально «дочь (или жена) Пахи», то есть потомок человека по прозвищу Паха.

Менее вероятна, но возможна связь с глаголом «пахать» — то есть с земледелием. В этом случае прозвище Пах мог получить крестьянин-землепашец, и фамилия означала бы «из семьи Пахов». Однако слово «паха» в значении «рот» встречается в источниках раньше и шире, чем профессиональное прозвище от глагола, поэтому версия с прозвищем по внешности или характеру выглядит убедительнее. Фамилия могла закрепиться в разных регионах независимо: от северных говоров до южных, где «паха» иногда обозначала «челюсть».

Интересно, что Пахина — фамилия относительно редкая, и её женская форма (с окончанием -а) не обязательно говорит о том, что носительница — женщина. В русской традиции такие фамилии на -ин склоняются и у мужчин: мужская форма — Пахин. Но в быту и документах встречается и Пахина как неизменяемая фамилия у женщин. В XIX веке фамилия фиксировалась в основном в крестьянской среде центральных губерний, а также среди однодворцев — потомков служилых людей, которые сохраняли старые прозвища. Сравнить её можно с однокоренными фамилиями Пахин, Пашин, Пашков — все они восходят к разным формам одного корня, но Пахина сохранила наиболее архаичную основу.