Фамилия Пахинова — редкий случай, где женская форма закрепилась в документах как основная, хотя по происхождению это типичная «матрешечная» фамилия, образованная от мужского имени или прозвища через суффикс -ов- и женское окончание -а. В русской традиции фамилии на -ов/-ев сначала принадлежали мужчине (Пахин), а женщина носила форму Пахинова, но в некоторых регионах, особенно на севере и в Сибири, при переписях фиксировали женский вариант как родовой, если хозяйкой двора была вдова или незамужняя женщина.

Корень фамилии — Пахин. Скорее всего, это форма от имени Пахом (каноническое Пахомий), которое в народе звучало как Пахом, а уменьшительно — Паха, Пахан, Пахин. Суффикс -ин в данном случае не притяжательный (как в фамилиях на -ин от слов на -а/-я), а часть разговорного имени: Пахин — «сын Пахи», то есть сын Пахома. Такое стяжение встречается и в фамилиях Тишин (от Тиша, Тимофей), Ванин (от Ваня, Иван).

Менее вероятная, но возможная версия — отчество от прозвища Пахин. В диалектах «паха» или «пахин» могло означать человека с широкими плечами, «пах» — бок, бедро, но в прозвищах эта основа редка, и ономасты (например, в словаре В. Никонова) склоняются к антропонимическому происхождению от Пахом.

Географически фамилия Пахинова встречается в основном в Вологодской, Архангельской областях и в Пермском крае — зонах, где были сильны северные говоры и где женские формы фамилий дольше сохранялись в быту. Если ваши предки оттуда, они могли быть крестьянами или посадскими людьми, носившими имя Пахом в честь святого Пахомия Великого, почитаемого на Руси. В документах XVII–XVIII веков фамилия не фиксируется как дворянская или купеческая — скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия, что подтверждается её редкостью в списках служилых людей.

Сравнение с однокоренными: Пахомов, Пахомовский, Паханов — все они восходят к тому же имени Пахом. Пахинова стоит особняком из-за уменьшительной основы Пахин, что делает её не просто отчеством, а формой, близкой к семейному прозвищу. Если вы ищете историю именно этой фамилии, обратите внимание на архивные записи по Вологодской губернии — там чаще всего встречаются Пахины и Пахиновы в метрических книгах XIX века.