Фамилия Пахоля — редкий пример, где суффикс указывает на географию точнее, чем корень. Окончание -я выдает украинское, белорусское или южнорусское происхождение: в великорусских фамилиях такая модель почти не встречается. Основа же — пахоля — в тех же говорах означала «слуга», «работник», «батрак». В словаре Даля зафиксировано: пахоль — наемный работник, особенно в западных и южных областях. Слово это пришло из польского pachołek (слуга, холоп) и в свою очередь восходит к чешскому pachole — «мальчик», «парень».

Таким образом, первый носитель фамилии Пахоля, скорее всего, был не свободным крестьянином, а наемным работником или младшим членом дружины, холопом. В старых польских и литовских документах pachołek — это и пеший воин, и слуга при шляхтиче. Фамилия могла закрепиться за человеком, который долго служил у одного хозяина или получил такое прозвище по роду занятий.

Интересно, что у фамилии нет «великорусского» суффикса -ов/-ев, -ин. Это значит, что она не прошла стандартную для центральной России патронимическую обработку и осталась в виде чистого прозвища. Встречается она в основном на западе Брянской, Смоленской областей, а также в Беларуси и на Украине — там, где польское влияние и местные говоры сохранили слово «пахоля» в быту.

Есть и другая, менее вероятная версия: от украинского «пахолити» — «пахнуть», «издавать запах». Но она слабая: прозвища по запаху обычно давали с более конкретным оттенком (например, «Пахучий»), а «пахоля» в этом значении не встречается в источниках. Основная версия — слуга, работник — подтверждается и параллельными фамилиями: Пахоль, Пахоленко, Пахольский, все они образованы от того же корня.

Фамилия недворянская, не отслеживается в родословных книгах, но это не делает её менее интересной: она прямо говорит о социальном положении предка, что для генеалогии ценнее многих вычурных прозвищ.