Фамилия Пахомя — редкий случай, когда исходное имя сохранилось почти без изменений, но в необычной грамматической форме. В основе лежит крестильное имя Пахом (от греческого Пахомиос — «широкоплечий», «тучный»), которое в русской традиции давали в честь преподобного Пахомия Великого. Однако вместо привычных суффиксов -ов, -ев или -ин, образующих притяжательные фамилии (Пахомов, Пахомин), здесь мы видим окончание -я, характерное для украинской, белорусской и польской моделей фамилиеобразования.

По сути, Пахомя — это не «чей-то сын», а сам человек, названный именем Пахом, но в разговорной или уменьшительной форме. В украинском языке фамилии на -я часто фиксировали прозвища или имена в звательном падеже: Пахомя значит примерно «тот, кого зовут Пахом». Такая модель встречается и в западных русских землях, где пересекались языковые традиции. Поэтому носитель фамилии Пахомя с высокой вероятностью происходит из регионов, где были сильны украинские или белорусские говоры: современная Украина, юго-запад России, Беларусь, а также пограничные области вроде Брянщины или Смоленщины.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает понять редкость формы. Пахомов — самая распространённая фамилия от этого имени, Пахомин встречается реже, а Пахомя — штучный вариант, почти не попавший в массовые переписи. Это говорит о том, что фамилия могла закрепиться в одном конкретном роду или даже в одном селе, где прозвище Пахомя передавалось по наследству без переделки в стандартный патроним. Социальный контекст здесь прост: предок носителя был крестьянином или казаком, потому что именно в этих средах дольше сохранялись живые, неканцелярские формы фамилий.

Написание фамилии устойчиво: ударение, скорее всего, падает на последний слог — Пахомя́, как в украинских фамилиях (Соломаха, Лобода). В русском языке такое окончание иногда переосмыслялось как женская форма, но по документам Пахомя встречается и у мужчин, и у женщин, что добавляет путаницы. Если вы ищете историю своего рода, стоит обратить внимание на метрические книги западных губерний Российской империи — именно там могла сохраниться запись о первом Пахоме, который стал Пахомей для соседей.