Основой фамилии Палагина послужило церковное имя Пелагей. Палага — уменьшительная форма редкого крестильного имени Пелагей, которое в переводе с греческого означает «морской». Менее вероятно, что фамилия Палагина произошла от соответствующего женского имени Пелагея, которое было очень распространено на Руси. Скорее всего, основатель рода Палагиных был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Палага, со временем получил фамилию Палагина.