Фамилия Палагушкина — женская форма фамилии Палагушкин, и её разбор стоит начать с одной особенности: суффикс -ушк- в русских фамилиях встречается нечасто. Обычно он характерен для имён и прозвищ с ласкательным оттенком, а в фамилиях чаще закрепляются суффиксы -ин или -ов. Здесь же основа — Палагушка, что сразу выдаёт неформальное, домашнее происхождение.

В основе лежит имя Пелагея (греч. «морская»). В народном произношении оно часто упрощалось: Пелагея → Палагея → Палага, а затем появилась уменьшительная форма Палагушка. Так могли называть девушку или женщину в крестьянской или мещанской среде — ласково, по-свойски. Фамилия, образованная от женского имени, не редкость для русской традиции: так часто называли детей по матери, особенно если она была вдовой или пользовалась авторитетом в семье.

Палагушкины, скорее всего, происходят из регионов, где форма имени Палага была распространена — это центральные и северные губернии России. В документах XVII–XVIII веков встречаются записи крестьян и посадских людей с таким именем, но фамилия закрепилась позже, уже после отмены крепостного права, когда паспорта и метрики стали обязательными.

Если смотреть на однокоренные фамилии — Пелагеев, Палагин, Палашкин, — Палагушкин выделяется именно редким суффиксом. Он придаёт фамилии оттенок теплоты и просторечия, что может указывать на незнатное происхождение носителей: скорее всего, предки были крестьянами или ремесленниками, а не дворянами. В дворянских родах такие «уменьшительные» формы почти не встречаются.

Сегодня фамилия Палагушкина — нечастая, но не исчезнувшая. Её можно встретить в Поволжье и на Урале, куда переселялись крестьяне в XIX веке.