Фамилия Пальноков — редкий случай, когда корень слова почти наверняка указывает на конкретное ремесло или занятие, причём не самое очевидное. В основе лежит слово «пальник» — так в некоторых русских говорах называли пастуха, который пас скот на «пальнике», то есть на выжженном участке леса или степи, подготовленном под пастбище или пашню. Подсечно-огневое земледелие, при котором лес выжигали, а потом использовали золу как удобрение, было широко распространено на севере и северо-востоке Руси вплоть до XIX века. Соответственно, Пальноков — это потомок человека, который либо выжигал лес («палил»), либо пас скот на таких участках. Суффикс -ов указывает на принадлежность: сын Пальнока, где Пальнок — обиходная форма прозвища Пальник.

Гораздо менее вероятна, но допустима версия, связывающая фамилию с диалектным словом «паль» (выжженное место, пожнище) или с глаголом «палить» в значении «жечь, обжигать» (например, обжигальщик кирпича или угля). Однако прозвище Пальник в значении «пастух» или «земледелец на подсеке» зафиксировано в ономастических источниках как вполне реальное, и от него фамилия Пальников встречается в северных губерниях. Форма Пальноков могла возникнуть из-за чередования корня или как вариант с суффиксом субъективной оценки -ок (Пальник → Пальнок, как «сынок» от «сын»). Такие «уменьшительные» прозвища часто становились основой фамилий в крестьянской среде.

Географически фамилия тяготеет к регионам бывшего подсечного земледелия: Архангельская, Вологодская, Кировская области, а также Урал, куда переселенцы приносили свои говоры и прозвища. Встречается она крайне редко, что делает её ценной для локальной генеалогии. Сословно предки Пальноковых, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, реже — однодворцами на южных рубежах, где тоже практиковали выжигание степей. Никакого отношения к «пальцам» или «пальну» (если это не искажённое написание) фамилия не имеет — её корень чисто хозяйственный, связанный с тяжелым трудом на земле.