Фамилия Панибратова — женская форма от Панибратов, а та, в свою очередь, образована от прозвища Панибрат. В основе лежит глагол «панибратствовать» или существительное «панибрат» — человек, который ведёт себя излишне фамильярно, запанибрата, то есть без соблюдения дистанции, как с ровней, хотя по статусу или возрасту это неуместно. Само слово пришло в русский язык из польского (panie bracie — «господин брат», обращение к равному), но в русском быту приобрело неодобрительный оттенок: панибратом называли того, кто пренебрегал субординацией, лез в друзья без спросу.

Прозвище Панибрат могли дать человеку общительному, простому в обращении, либо, наоборот, навязчивому и бесцеремонному. В любом случае, фамилия отражает не столько род занятий, сколько социальную характеристику, манеру поведения, которая бросалась в глаза окружающим. Модель образования типична для русских фамилий: основа на твердый согласный (Панибрат) плюс суффикс -ов, обозначающий принадлежность — «сын Панибрата». Это указывает, что фамилия сложилась в среде крестьян или мещан, где прозвища легко закреплялись за потомками.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий на «пани-», которые указывают на польское или западнорусское происхождение (Панич, Паниковский), Панибратов — фамилия исконно русская, причём с ироническим подтекстом. Она могла возникнуть в среде, где чинопочитание было нормой, и человек, нарушавший её, получал говорящее прозвище. Встречается фамилия в основном в центральных и южных областях России, но без резкой региональной привязки.

Однокоренные фамилии — Панибратцев, Панибратский, Панибратенко — но Панибратова остаётся самой распространённой. Поскольку фамилия семантически прозрачна, она почти не имеет спорных этимологий: корень ясен, и альтернативные версии (например, от имени Панибрат как варианта календарного имени) не выдерживают критики — такого имени в святцах нет.