В основе фамилии Панинский лежит имя Паня — производная форма имени Павел, которое в переводе с латинского означает «маленький». Также не исключено, что имя Паня является производной формой имени Пантелеймон (от греческого «всемилостивый»), Панкрат (от греческого «всемогущий») или Панфил (от греческого «всеми любимый»). Скорее всего, основатель рода Панинских был человеком из простого сословия. Фактически фамилия Панинский представляет собой отчество второго порядка: Панинский — сын Панина и внук Пани.