Фамилия Паниных образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей — от личного имени или прозвища с помощью суффикса -ин. Основа здесь — «Паня». Это уменьшительная форма сразу от нескольких крестильных имён: Пантелеймон, Панфил, Панкратий, а иногда и от Пантелея. В быту такие сокращения были обычным делом: полное имя звучало официально, а в семье или среди соседей человека звали просто Паней. Соответственно, Панин — это «чей?» — сын Пани, потомок человека, которого в округе знали под этим прозвищем.

Интересно, что в некоторых говорах «паня» имело и нарицательное значение. Так могли назвать изнеженного, барского ребёнка или, наоборот, человека, который «пануется», то есть важничает, ведёт себя свысока. В южных и западных регионах России слово «пан» ассоциировалось с польским шляхтичем или помещиком, и уменьшительная форма «Паня» могла закрепиться как прозвище за крестьянином, который подражал панским манерам. Впрочем, для фамилии Паниных основным источником всё же было личное имя: ономасты (в частности, Б. Унбегаун в «Русских фамилиях») относят её к типичным «полуотчествам» на -ин, возникшим в среде простых людей.

Географически фамилия распространена повсеместно, без резкой привязки к одному региону. В переписных книгах XVII века уже встречаются крестьяне и посадские люди с этой фамилией, что говорит о её давнем бытовании в непривилегированной среде. Дворянский род Паниных действительно существовал, но в массовом сознании фамилия осталась «простой» — от имени или бытового прозвища, без связи с польским панством или знатным происхождением.

Стоит обратить внимание на написание: в старых документах фамилию могли записать как «Панинъ» с твёрдым знаком на конце, что после реформы орфографии 1918 года исчезло. Падежная форма «Паниных» (родительный или предложный падеж множественного числа) используется, когда говорят о всей семье: «дом Паниных», «род Паниных». В единственном числе фамилия склоняется стандартно: Панин, Панина.