Фамилия Панихин образована по простой и понятной модели: от прозвища Паниха, которое в русских деревнях давали жене человека по имени Паня. Такая модель — от имени мужа через прозвище жены — встречается в русских фамилиях нередко, и Панихин стоит в одном ряду с Марьиными, Катиными или Дарьиными, только исходное имя здесь мужское.

Паня — это уменьшительная форма сразу нескольких крестильных имён греческого происхождения. Панфил значит «общий друг», Панкратий — «всевластный, всемогущий», Пантелеймон — «всемилостивый», Парфений — «целомудренный», Пафнутий — «принадлежащий Богу», а Олимпан — «олимпиец» или «величественный, невозмутимый». Какое именно имя лежало в основе конкретной семьи Панихиных, теперь не установить: уменьшительные формы в народе не различали, и Паня одинаково легко мог оказаться и Панкратием, и Пантелеем.

Сам суффикс -ин указывает на принадлежность: Панихин буквально значит «сын Панихи», то есть потомок той самой Панихи, жены Пани. В северных и центральных русских говорах такой способ называть семью по матери или жене был обычным делом, поэтому фамилия скорее всего зародилась где-то в этих краях, хотя позже разошлась широко.

Интересно, что фамилия сохранила именно женскую форму прозвища, а не мужскую. Если бы предка звали просто Паня, мы бы получили Панин — и такая фамилия действительно существует. Панихин же — редкий случай, когда в основе лежит не само имя, а прозвище жены, и это делает фамилию заметной среди однокоренных. В некоторых говорах «паниха» могла иметь и самостоятельный оттенок — так иногда звали бойкую, властную женщину, которая «панует» в доме, но эта версия вторична и менее надёжна.

Отдельного упоминания заслуживает ударение. В фамилии Панихин оно обычно падает на второй слог, на «и», — так произносят в большинстве регионов. Это тоже говорит о том, что фамилия живая, бытовая, а не книжная: её звучание подчинялось устной традиции, а не правилам.

Известных носителей фамилии, о которых можно было бы рассказать подробно, в открытых источниках немного — это рядовая, крестьянская по происхождению фамилия, и её история растворяется в общей массе русского населения. Зато именно это и делает её типичной: Панихины — это потомки обычных людей, которых в старину различали по имени отца или матери, а не по титулу или ремеслу.