Фамилия Паняев — это классический пример русской «полуотческой» фамилии, то есть образованной не от полного крестильного имени, а от его уменьшительной, домашней формы. В основе лежит имя Паня, которое в старину было универсальной ласкательной формой сразу для нескольких мужских имён. Чаще всего так звали Пантелеймонов (в переводе с греческого — «всемилостивый»), Панкратов («сильнее всех») и Панфилов («всеми любимый»). Поэтому точного «адресата» у фамилии нет: Паняевы могли происходить от тёзок с разными полными именами, но с одним обиходным прозвищем в семье.

Модель образования проста и надёжна: к основе Паня добавили типичный фамильный суффикс -ев (после мягкого согласного, как в фамилиях Исаев, Юрьев). Первоначально форма Паняев означала «сын Пани», а затем закрепилась за родом уже как наследственное имя. Такой способ словообразования был массовым в XV–XVII веках, когда крестьянские и посадские семьи начинали обзаводиться постоянными фамилиями, и это позволяет отнести Паняевых к числу старинных русских родов, а не к поздним искусственным образованиям.

Интересно, что имя Паня бытовало не только в великорусских землях, но и в белорусском и украинском просторечии, поэтому фамилия встречается в разных регионах, хотя и не относится к числу частотных. О точном месте возникновения конкретной ветви Паняевых говорить сложно: процесс закрепления фамилий шёл неравномерно, и в переписных книгах XVII века могли фиксировать как Паняева, так и Панькина или Панина — всё зависело от того, какую форму имени предпочитали в данной местности.

С точки зрения ономастики, фамилия Паняев — ценный памятник живой народной традиции именования. Она сохранила ту самую сокращённую форму, которая почти исчезла из современного обихода, но в прошлом была естественной для повседневного общения. Потомок человека по имени Паня, будь то Пантелеймон или Панкратий, получил фамилию, которая сегодня звучит как привет из той эпохи, когда имя в семье значило больше, чем полное церковное имя при крещении.