Фамилия Панюжев образована от личного прозвища Панюжа и относится к распространенному типу русских фамилий, возникших из прозвищ. Основа фамилии восходит к западнославянскому глаголу panovat — «господствовать», а именно к форме первого лица единственного числа panuji. Однако маловероятно, что прозвище Панюжа носил представитель знати или правящего класса: именно эти слои населения в первую очередь получали официальные фамилии, и вряд ли им требовалось дополнительное прозвище, подчеркивающее их положение. Скорее всего, прозвище носило шутливый, ироничный характер и давалось тому, кто важничал, пытался казаться значительнее, чем был на самом деле. Так, потомок человека, обладающего прозвищем Панюжа, со временем получил фамилию Панюжев.

Сама словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: к основе Панюж- добавлен типичный русский патронимический суффикс -ев, указывающий на отчество или принадлежность роду. Такой способ формирования фамилий был особенно распространен в северных и центральных русских землях, где прозвища часто становились основой для родовых имен. Интересно, что в отличие от более частотных фамилий, образованных от крестильных имен (Иванов, Петров), фамилия Панюжев сохранила редкую основу, которая в современном языке уже не употребляется самостоятельно. Это делает ее ценным свидетельством живого народного словоупотребления прошлых веков, когда прозвища были яркими и меткими.

О точном месте и времени возникновения фамилии Панюжев в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был длительным и неравномерным в разных регионах. Можно предположить, что фамилия закрепилась там, где было заметно западнославянское влияние на местные говоры, однако письменных подтверждений этому нет. Тем не менее, фамилия Панюжев представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры, сохранивший в себе отголосок давнего прозвища и напоминающий о том, как в языке отражались социальные и бытовые отношения.