Фамилия Панюжев образована от прозвища Панюжа. Его основа — западнославянская, от формы первого лица единственного числа panuji, связанной с глаголом panovat, то есть «господствовать». Прямая связь прозвища с реальной властью маловероятна: знать и правящие слои как раз первыми получали официальные фамилии, и им не было нужды прятать своё положение за намёком. Поэтому правдоподобнее выглядит шутливая версия: Панюжей дразнили того, кто важничал, вёл себя надменно или пытался казаться значительнее, чем был. Потомки человека с таким прозвищем со временем закрепили за собой фамилию Панюжев.

Обратим внимание на сам словообразовательный тип. Суффикс -ев указывает на притяжательную модель «сын такого-то», то есть Панюжев буквально значит «сын Панюжи». Это типичный для русских фамилий путь от уличного прозвища к родовому имени, и в данном случае прозвище, а не крестильное имя, легло в основу.

В отличие от более частотных фамилий на -ов, форма с -ев здесь не случайна: она возникла из-за мягкого согласного в основе (Панюж-). В написании сохранилась буква «ю», которая передаёт мягкость и не даёт спутать фамилию с однокоренными, например, с Панюковым или Панюшиным, хотя все они могут восходить к разным вариантам одного корня.

Версия о западнославянском источнике — рабочая, но не единственная. Можно предположить и связь с диалектным глаголом «панюжить» в значении «гнуть, пригибать к земле» — тогда прозвище могло относиться к человеку сутулому или тому, кто ходил сгорбившись. Однако эта гипотеза менее убедительна: она не объясняет, почему форма прозвища совпала именно с западнославянской моделью. Так что шутливое «господин» остаётся наиболее вероятным объяснением.