Фамилия Панюжев образована от прозвища Панюжа. Оно ведет свое начало от формы 1 лица единственного числа panuji от западнославянского глагола panovat — «господствовать». Однако маловероятно, что прозвище Панюжа носил представитель знати или правящего класса, поскольку именно эти слои населения в первую очередь получили официальные фамилии. Скорее всего, прозвище носило шутливый характер и давалось тому, кто важничал. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Панюжа, со временем получил фамилию Панюжев.