Фамилия Панюжева — женская форма фамилии Панюжев, и её разбор стоит начать с мужского варианта, потому что именно он хранит ключ к происхождению. Основа здесь — Панюж-, а суффикс -ев указывает на типичную модель русских фамилий: от прозвища или имени, оканчивающегося на мягкий согласный или -й. В данном случае перед нами, скорее всего, не полное календарное имя, а его производная, уличная форма.

Корень фамилии восходит к имени Пантелей (в просторечии Пантелеймон). В русской народной среде это имя давало множество уменьшительных вариантов: Паня, Панюта, Панюха, Панюша. Форма Панюжа — довольно редкий вариант, образованный с помощью суффикса -юж-, который встречается в диалектных прозвищах и именованиях. Похожая модель есть, например, в фамилиях Панюхин, Панютин — все они от одного корня. Таким образом, первый носитель фамилии Панюжев был, вероятно, сыном человека по имени Панюжа, то есть Пантелея.

Менее вероятная, но допустимая версия связывает фамилию с прозвищем от диалектного глагола «панюжить» — в некоторых говорах это означало «гнуть, мять, притеснять». Если принять эту версию, то Панюжей могли прозвать человека с тяжелым характером или того, кто занимался, скажем, сгибанием чего-либо (луков, дуг). Однако связь с крестильным именем Пантелей выглядит убедительнее — такие переходы от церковного имени к бытовому прозвищу, а затем к фамилии — самый частый путь в русской ономастике.

Географически фамилия Панюжев (и Панюжева) тяготеет к южнорусским и среднерусским областям, но массового распространения не получила. Это редкая фамилия, что подтверждает её происхождение от локального, не самого популярного варианта имени. В словарях фамилия не фиксируется как дворянская или купеческая — вероятнее всего, её носили крестьяне или мещане, получившие фамилию по отцу уже в XIX веке.

Коротко: фамилия Панюжева означает «принадлежащая Панюже», где Панюжа — это простонародная форма имени Пантелей. Предки были людьми, которых в деревне знали по отцу или деду Пантелею, но в быту звали сокращённо — Панюжа.