Фамилия Папирин — редкий пример, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с едой, а точнее — с папирусами. Но не с древнеегипетскими свитками, а с тем, что в некоторых русских говорах «папирусом» называли сорт папиросной бумаги или сами папиросы. Слово это пришло в русский язык через немецкий и французский в XIX веке, когда табакокурение стало массовым. Прозвище Папира могли дать либо курильщику, который не расставался с папиросой, либо торговцу табачными изделиями, либо, что менее вероятно, мастеру, делавшему папиросные гильзы.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Папирин, то есть сын или потомок Папиры. Такая модель образования типична для северных и центральных губерний России, где фамилии на -ин широко распространены. В отличие от южнорусских фамилий на -ов, здесь основа оканчивается на -а, что и определило суффикс.

Есть и другая, более прозаичная версия: в некоторых диалектах «папир» (или «папира») — искажённое «папоротник». Тогда прозвище могло относиться к человеку, жившему в зарослях папоротника или собиравшему его для хозяйственных нужд. Но эта гипотеза слабее: слово «папир» в значении «папоротник» встречается редко и локально, в основном в западных областях. Основная масса носителей фамилии Папирин — выходцы из Поволжья и центральной России, где табачная версия выглядит убедительнее.

Фамилия немногочисленна, но не исчезнувшая: Папирины встречаются в Нижегородской, Кировской областях и в Пермском крае. Среди известных носителей нет громких исторических фигур — фамилия осталась крестьянской, мещанской, изредка купеческой. Это типичная «профессиональная» фамилия, застывшая в XIX веке, когда прозвище по роду занятий или привычке перешло в официальный документ.