Фамилия Парфиненкова — одна из тех, что хранят в себе забытое имя. Её основа — просторечная форма крестильного имени Парфений. В русском языке это имя часто «укорачивали» до Парфён, Парфин, Парфеня, а в некоторых говорах — до Парфин. Фамилия образована по типичной для русского севера и ряда центральных областей модели: от имени Парфина (женского варианта или, что вероятнее, отчества «Парфинин») через суффикс -к(а) и далее — Парфиненков, то есть «сын Парфиненка». Двойной суффикс (-енк- + -ов) здесь указывает на принадлежность к более молодому поколению: Парфиненок — это либо ребёнок Парфины, либо человек из рода Парфининых. Женская форма Парфиненкова закрепилась как фамилия женщины, но исторически восходит к мужской основе.

Само имя Парфиний (греч. Παρθένιος) означает «девственный, чистый». В святцах известен Парфений Лампсакийский, епископ и целитель, почитаемый в православии. Однако в быту имя не было редким: в XV–XVII веках его носили крестьяне, посадские люди, иногда священники. Парфиненковы, скорее всего, происходят из среды крестьян или мещан — именно в этих сословиях отчества с суффиксом -енк(ов) встречались особенно часто, особенно в южнорусских и центральных губерниях. Впрочем, география фамилии указывает скорее на север: вариант Парфиненков (с ударением на «е») типичен для Вологодской, Архангельской, Костромской областей, где сохранялось оканье и где имя Парфён звучало как Парфин.

Любопытно, что фамилия могла возникнуть и от прозвища Парфин — так на Русском Севере иногда называли человека, который «парил» в бане или занимался паркой (варкой) чего-либо, но это лишь народная этимология. Основная версия остаётся ономастической: корень — в церковном имени, которое в быту обросло уменьшительными формами. Парфиненкова буквально означает «дочь (или жена) потомка Парфина». Сейчас фамилия редкая, встречается в основном в центральной России и среди потомков переселенцев на Урал. Её носительницы могут считать, что их предки — люди с чистой фамильной историей, уходящей в допетровскую Русь.