Фамилия Пашухин образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: основа на согласный плюс суффикс -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Пашухин — значит «сын Пашухи» или «человек из семьи Пашухи». Основа же — Пашуха — это уменьшительно-ласкательная форма от крестильного имени Павел (в переводе с латыни — «малый», «скромный»). В народной речи имя Павел давало множество производных: Паша, Пашута, Пашуня, и вот — Пашуха. Суффикс -ух- здесь придаёт имени оттенок фамильярности или просторечия, что типично для прозвищных имён в среде крестьян и посадских людей.

В отличие от фамилий на -ов/-ев (Павлов, Пашуков), форма на -ин чаще встречалась в северных и центральных регионах России, а также в среде служилых людей. Пашухин, скорее всего, возник в среде, где ценили не формальное, а бытовое, домашнее имя. Предок носителя этой фамилии мог быть простым крестьянином, ремесленником или мелким служилым человеком, которого в обиходе звали Пашухой — ласково или пренебрежительно, но без злого умысла.

Интересно, что фамилия Пашухин не слишком частотна. В отличие от массовых Павловых или Пашковых, она сохранила редкую словообразовательную ветвь. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные формы упоминаются как характерные для восточнославянской антропонимии, но без подробного разбора — настолько они локальны. Если искать аналоги, то можно вспомнить фамилии Пашутин, Пашуков, Пашунин — все они от того же корня, но с разными суффиксами. Пашухин стоит особняком: суффикс -ух- в основе встречается реже, чем -ут- или -ук-, что делает фамилию более редкой и географически привязанной.

Версия о происхождении от прозвища Пашуха, не связанного с именем Павел, маловероятна. В русских говорах слово «пашуха» не зафиксировано в значении ремесла или предмета. Все нити ведут к тому, что перед нами — отчество второго порядка, где исходное имя почти стёрлось, оставив только ласковое прозвище. Носитель фамилии Пашухин может с уверенностью считать, что его предок носил имя Павел, но в кругу близких был Пашухой — и это имя закрепилось за родом.