Фамилия Парухин образована от имени или прозвища Паруха. В русском языке суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Парухин, то есть сын или потомок Парухи. Основа здесь — мужское имя Паруха, которое в старину было разговорной формой канонического имени Парфений (от греческого «парфенос» — девственник). Такое стяжение — обычное дело в бытовой речи: Парфений превращался в Парфена, а затем и в Паруху, где «ф» заменялось на «х» из-за простонародного произношения.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с прозвищем Паруха, которое могло относиться к человеку с какой-то особенностью — например, к тому, кто парился в бане чаще других или, наоборот, избегал пара. Однако первая версия, с именем Парфений, выглядит убедительнее: в документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с именем Паруха, и отчество от него закономерно давало фамилию Парухин.

Фамилия редкая, её географическое распространение узкое. По данным современных исследований, Парухины чаще всего встречаются в центральных и северных областях России — в Костромской, Вологодской, а также в Поволжье. Это говорит о том, что предки носителей фамилии были скорее всего крестьянами или ремесленниками, а не дворянами: в среде высших сословий такие «домашние» формы имён обычно не приживались.

Словообразовательная модель проста и типична для русского севера и центра: от полного имени Парфений сначала отсекли часть, упростив до Парухи, а затем добавили притяжательный суффикс. Похожим образом возникли фамилии Варухин (от Варфоломей) или Ерохин (от Ерофей). Парухин стоит в этом ряду как пример того, как церковное имя, пройдя через горнило народного произношения, превратилось в фамилию, за которой не стоит никакого особого ремесла или прозвища — только имя предка.