Фамилия Пастущена — один из тех редких случаев, когда суффикс сразу выдаёт географию. Окончание -а, а не типичное русское -ая, указывает на украинское или южнорусское происхождение. В украинском языке притяжательные прилагательные женского рода часто застывают в такой форме: Пастущена — буквально «принадлежащая Пастущену», то есть жена или вдова человека по прозвищу Пастущен. А сам Пастущен — это уже производное от «пастух» с уменьшительным или сыновним суффиксом -енко, который в украинской традиции сократился до -ен.

Корень прозрачен: «пастух» — человек, пасущий скот. В славянских языках это слово происходит от общеславянского pasti («пасти»). Прозвище могли дать не только тому, кто реально пас коров или овец, но и пастушьему сыну, или, с иронией, медлительному, нерасторопному человеку — пастухи нередко ассоциировались с неторопливостью. Однако в основе, скорее всего, лежит именно ремесло: в крестьянской среде фамилии по занятию были одними из самых распространённых.

Если смотреть шире, однокоренные фамилии — Пастухов, Пастушенко, Пастушок — встречаются часто, но форма Пастущена редкая. Она могла закрепиться в какой-то одной местной ветви, где украинское влияние смешалось с русским окончанием -а. По сути, это «женская» форма фамилии, которая в XIX веке могла фиксироваться в метриках за женой или дочерью, а затем передаться по наследству как неизменяемая.

Точной даты возникновения назвать нельзя, но в документах подобные фамилии массово появляются после отмены крепостного права (1861 год), когда крестьянам понадобились официальные фамилии. Пастущена — из тех, что сохранила живой говор и местный колорит, почти не изменившись за полтора века.