Фамилия Патаханов — одна из тех, где неочевидная основа заставляет задуматься: откуда она взялась? Первое, что бросается в глаза, — суффикс -ов, типичный для русских фамилий, образованных от полных имен или прозвищ. Но корень «Патахан» — не каноническое славянское имя.

Самая вероятная версия — тюркское происхождение. В тюркских языках, особенно в кавказско-тюркской группе (кумыкский, азербайджанский), слово «патах» или «пата» может означать «доля», «часть», «удел» или «судьба». В сочетании с компонентом «-хан» (титул правителя, князя) имя Патахан могло означать «хан, которому досталась доля» или «владелец удела». Такие имена-титулы были распространены у народов, испытавших влияние ислама и тюркской знати. Таким образом, фамилия Патаханов — это русифицированная форма отчества от имени Патахан: «сын Патахана».

Менее вероятная, но возможная версия — связь с персидским «патах» (открытый, раскрытый) или с арабским корнем «фтх» (победа, открытие). В таком случае имя могло иметь значение «победоносный хан» или «открывающий путь». Однако эта гипотеза слабее, так как модель «арабское слово + хан» менее типична для повседневных имен, чем чисто тюркская конструкция.

Географически фамилия привязана к регионам, где тюркские народы исторически соседствовали с русскими: Северный Кавказ, Закавказье, Поволжье. Носители фамилии Патаханов — это, скорее всего, потомки тюркской (кумыкской, азербайджанской) знати или зажиточных крестьян, чье родовое имя было записано в русских метриках с окончанием -ов. В отличие от фамилий на -ев или -ин, суффикс -ов здесь указывает на то, что имя отца было полным, а не сокращенным или ласкательным.

Встречается и вариант написания с двумя «а» — Патаханов, хотя ударение, скорее всего, падает на последний слог: ПатаханОв. В дореволюционных документах могли писать через «о» — Потаханов, что связано с акающим произношением, но это уже искажение исходной формы.