Фамилия Патанина — женская форма мужской фамилии Патанин, и в её основе лежит имя или прозвище Патаня. Это краткая, обиходная форма от одного из крестильных имён, скорее всего от Патапий (в просторечии Потап). В народной речи имя Потап нередко произносили и писали как «Патап» — через «а», что отражает акающее произношение, свойственное многим русским говорам. От этой формы и образовалось уменьшительное Патаня, а от него — фамилия с суффиксом -ин, указывающим на принадлежность: «сын Патани».

Менее вероятная, но возможная версия выводит основу из греческого имени Патана, которое встречалось в святцах, но было редким. В любом случае, Патанин — это типичная «семейная» фамилия, закрепившаяся за потомками человека по имени или прозвищу Патаня.

Интересная деталь: фамилия Патанин географически привязана в основном к северным и центральным регионам России, особенно к Вологодской и Архангельской областям. Там аканье в имени Потап было нормой, и фамилия встречается чаще, чем её «окающий» вариант Потанин. В некоторых старых переписях XVII века можно найти крестьян и посадских людей с фамилией Патанин, что говорит о её давнем бытовании в среде свободного сельского населения, а не только дворянства.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Потапов, Потанин, Патапов) показывает, что Патанина — не просто вариант, а самостоятельная ветвь, закрепившая местное произношение. Носительницы этой фамилии могут с высокой долей вероятности считать своими предками крестьян или ремесленников Русского Севера, где имя Потап (Патап) было распространено благодаря почитанию святого Потапия.