Фамилия Павлунины — один из ярких примеров того, как на Руси переосмысляли церковные имена. В её основе лежит имя Павлуня — народная, обиходная форма крестильного имени Павел. Само имя Павел пришло из латыни и переводится как «маленький», «младший», что в древности было скорее ласковым прозвищем, а не характеристикой роста.

Образована фамилия по самой распространённой модели: к основе Павлун- добавили суффикс -ин, который указывал на принадлежность. Первоначально Павлунин означало «чей-то сын», «тот, кто из семьи Павлуни». Если бы фамилия образовалась от полной формы имени, мы бы знали её как Павлов, но уменьшительное Павлуня закрепила за родом особый оттенок — теплое, домашнее обращение, которое со временем стало официальным родовым именем.

Суффикс -ин в русских фамилиях традиционно присоединялся к основам, оканчивающимся на -а или -я, поэтому форма Павлуня дала именно Павлунина, а не Павлунова. Это же правило объясняет появление родственных фамилий Павлухин, Павлушин — все они выросли из разных уменьшительных форм одного и того же имени.

Точное место и время возникновения фамилии установить сложно: крестьянские фамилии в центральной России закреплялись в основном в XVI–XVII веках, но на окраинах страны процесс растянулся ещё на два столетия. Можно лишь предположить, что родоначальник Павлуниных жил в северных или центральных русских землях, где уменьшительные формы имён были особенно любимы.

Несмотря на кажущуюся простоту, фамилия Павлунины — живой памятник славянской письменности. Она сохранила ту самую языковую среду, где библейский апостол Павел превратился в своего, домашнего Павлуню, а его имя — в фамильный знак целого рода.