Фамилия Педина — редкий пример, где происхождение почти наверняка связано с особенностями внешности или характера, а не с профессией или географией. В её основе лежит древнерусское слово «педь» или «педя» — так в северных и сибирских говорах называли человека маленького роста, коротышку, а также нечто малое, незначительное. Слово это родственно диалектному «педень» — малорослый, щуплый. Соответственно, прозвище Педя давали невысокому человеку, и от него по самой распространённой модели образовалась фамилия Педина: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — «Педин сын»).

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще возникали от имён и прозвищ на твёрдый согласный, модель на -ин типична для основ на -а/-я. Это одна из старейших русских патронимических форм, и Педина стоит в одном ряду с Путя, Федя, Гавря — Путятин, Федин, Гаврилин. Однако в данном случае основа не от крестильного имени (как Фёдор → Федя), а от чисто прозвищного слова, что встречается реже.

Встречается фамилия преимущественно на юге России и в восточных областях Украины — в Ростовской, Волгоградской областях, в Краснодарском крае, а также в Белгородчине. Это косвенно подтверждает северное происхождение слова: диалект «педя» зафиксирован в архангельских и вятских говорах, а носители, вероятно, мигрировали на юг в ходе колонизации XVI–XVIII веков.

Иногда выдвигают версию о связи с украинским «педина» — «рябая кожа», «веснушки», но она менее убедительна: «педина» в этом значении — скорее заимствование из польского (pęcina), и в русских фамилиях следов такого корня почти нет. Гораздо надёжнее держаться за диалектное «педь» — прозвище по росту. Ударение в фамилии, судя по опросам носителей, падает на второй слог: ПедИна, хотя в некоторых семьях сохраняется ударение на первый — ПЕдина.

Среди носителей фамилии нет широко известных исторических фигур, что типично для прозвищных фамилий, не связанных с дворянскими родами. Педина — фамилия крестьянского и мещанского сословия, и её история — это история конкретного человека, которого в XVI–XVII веках за глаза называли Педя и чьи потомки разнесли это прозвище по разным губерниям.