Фамилия Пексин — редкий пример, где разбор упирается не в тюркские или финно-угорские корни, а в сугубо русский суффикс и почти забытое слово. Если отбросить версию о случайном искажении фамилии Пекшин (от реки Пекша во Владимирской области), то основа здесь — «пекса» или «пекся». В северных и сибирских говорах «пексой» называли сухую, потрескавшуюся землю, а «пексой» или «пексой» — человека с мелкой, шелушащейся кожей на лице или руках. Прозвище Пекса могли дать либо крестьянину, обрабатывающему сухой неплодородный участок, либо человеку с заметной кожной особенностью — например, веснушчатому или обветренному.

Словообразовательная модель прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей сын?» — Пексин, то есть потомок Пексы. Это типичная «посессивная» фамилия, как Кузьмин или Ильин, но с некалендарным прозвищем в основе. Аналог — фамилия Пекшев (от «пекша», то есть рябой или пестрый), но Пексин образован от более редкой формы.

География фамилии узкая: по данным переписей XIX века и современным телефонным справочникам, Пексины встречаются в основном в Вологодской и Кировской областях, изредка — в Архангельской. Это стык северного и северо-восточного диалектных массивов, где слово «пекса» фиксируется этнографами. В центральных губерниях фамилия почти не встречается, что подтверждает её локальное происхождение.

Вторая, менее вероятная версия — отчество от имени Пекша, которое в старину было уменьшительной формой крестильного имени Пётр (Пекша через Пекша). Но тогда логичнее ждать форму Пекшин, а не Пексин. Поэтому ономасты склоняются к прозвищному происхождению от диалектного «пекса» — сухой, шелушащийся.

Сословный состав носителей типичен для северных фамилий на -ин: государственные крестьяне, реже — однодворцы. Дворянских родов Пексиных не зафиксировано. В дореволюционных метрических книгах Пексины — сплошь землепашцы и плотники из Вологодской губернии.