Основой фамилии Пеницин послужило мирское имя Пеница. Нецерковное имя Пеница, вероятно, восходит к словенскому «рenica», то есть «птица славка». Славка – небольшая птица, живущая в лесах европейской части России, Кавказа, Зауралья, на юге Сибири до Забайкалья. Также не исключено, что в основе фамилии Пеницин лежит прозвище со славянским корнем «penez» - «денежка, монета, деньги». В этом случае прозвище Пеница мог получить человек зажиточный или занимающийся коммерцией. Согласно другой версии, прозвище Пеница восходит к русскому глаголу «пениться», то есть «покрываться, исходить пеной». Следовательно, прозвище Пеница мог получить человек, склонный бурно выражать эмоции («исходить пеной») в гневе, или больной эпилепсией. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Пеница, со временем получил фамилию Пеницин.