Фамилия Пшеницина — женская форма, а её мужской вариант Пшеницын. В русской традиции такие фамилии на -ин обычно образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я, что как раз и указывает на исходное прозвище или имя Пшеница.

Корень здесь прозрачный: пшеница. Но связь с зерном не обязательно означает, что предок был земледельцем или торговал мукой. В русских говорах «пшеницей» могли прозвать человека за цвет волос — светлого, золотистого оттенка, похожего на спелый колос. Это типичная модель для прозвищ по внешности: Рожь, Овёс, Горох. Вторая версия, менее вероятная, но тоже возможная — прозвище за любовь к пшеничному хлебу или за то, что человек был сытым, упитанным, «как пшеничка».

Интересно, что фамилия Пшеницын встречается в старых документах не только в центральной России, но и на севере, в архангельских и вологодских землях. Там прозвища по злакам давали не столько крестьянам, сколько охотникам или рыболовам — в качестве шутливой клички за цвет волос или бороды. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Пшеницын стоит ближе к прозвищной модели, чем, скажем, Пшеничников, где суффикс -ник прямо указывает на профессию (пекарь или торговец пшеницей). А вот Пшеницын — это «чей-то сын»: сын человека по прозвищу Пшеница.

В словаре Б. Унбегауна эта фамилия отнесена к разряду «растительных», но без уточнения сословной принадлежности. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая не раньше XVII века, когда прозвища начали закрепляться как наследственные. Вариант написания с одной «н» (Пшеницына) тоже встречается и не считается ошибкой, но форма с «и» в суффиксе (Пшеницина) — более редкая и может указывать на диалектное произношение, где «цы» звучало как «ци».