Фамилия Пеньковцева восходит к топониму Пеньково. Так называется ряд деревень в России (в Ленинградской области, Тульской области, Ярославской и Ивановской областях). Топоним Пеньково ведет начало от слова «пенек». Пенек – уменьшительная форма слова «пень»: так называют остаток срубленного или упавшего дерева. Скорее всего, местность, которая изобиловала пнями, была названа впоследствии Пеньково. Любопытно, что данный топоним упоминается в названии известного фильма «Дело было в Пенькове». Это сельская мелодрама эпохи «оттепели». Уставший от спиртного, безделья и скуки тракторист Матвей женится на дочери председателя колхоза, красавице Ларисе. Но в деревню Пеньково приезжает Тоня, новый культорг, и, преодолевая недоверие и издевки местных жителей, становится самой популярной личностью. Вероятно, основатель рода Пеньковцевых был выходцем из Пеньково. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Пеньковец, со временем получил фамилию Пеньковцева.