Фамилия Пеньковцева хранит память о месте, откуда был родом её первый носитель. В её основе лежит прозвище Пеньковец, то есть «выходец из Пеньково». Так называли человека, который покинул деревню с этим названием и поселился в другом месте, а его дети и внуки уже стали Пеньковцевыми.

Сам топоним Пеньково в России не редкость: деревни с таким именем есть в Ленинградской, Тульской, Ярославской и Ивановской областях. Слово образовано от «пенёк» — уменьшительной формы от «пень», то есть остатка срубленного или упавшего дерева. Скорее всего, так называли местность, где после вырубки леса оставалось много пней. Название приживалось и переходило на селение.

Любопытно, что топоним получил вторую жизнь в культуре: фильм «Дело было в Пенькове» — сельская мелодрама эпохи «оттепели» — сделал это название знакомым миллионам. По сюжету тракторист Матвей, уставший от спиртного, безделья и скуки, женится на дочери председателя колхоза, красавице Ларисе. Но в деревню приезжает новый культорг Тоня, которая, преодолевая недоверие и издевки местных жителей, становится самой популярной личностью.

Модель образования фамилии — суффиксальная: к основе Пеньковец добавился типичный русский суффикс -ев, указывающий на принадлежность роду. Форма Пеньковцева — женский вариант, а мужская фамилия звучит как Пеньковцев. Такие фамилии по названию деревень и сёл — распространённый пласт русской ономастики: они возникали, когда человек переезжал в город или другое село и получал прозвище по месту прежнего жительства.

Вероятно, родоначальник Пеньковцевых был крестьянином или ремесленником, ушедшим из обжитого Пеньково на новые земли. Точных сведений о конкретном селе, откуда пошла фамилия, нет — в каждом из регионов с таким топонимом могла возникнуть своя ветвь рода. Но в любом случае фамилия связывает её носителей с русской деревней, с историей освоения земель и с народной традицией давать прозвища по месту рождения.