По одной из гипотез, она образована от имени Пенько – одной из уменьшительной форм имени Петр (в переводе с древнегреческого – «камень, скала»). Подобные именования нередко встречаются у славян. Фамилии, образованные от имени Петр и его производных, входят в десятку самых распространенных в России. Особенно большое распространение имя Петр получило в XVIII веке, когда его стали давать в честь императора Петра I. Менее правдоподобно выглядит версия, согласно которой фамилия Пенько ведет начало от прозвища Пенько, которое восходит к слову «пень». Пнем называют остаток срубленного или упавшего дерева. То есть прозвище Пенько мог получить человек невысокого роста или лесоруб. Алматы известен Пенько Арнольд Антонович, который родился в 1892 году в Варшаве. А в Книге памяти Архангельской области упоминается лесоруб Пенько Тарас Степанович, рожденный в 1904 году в Белоруссии.