Фамилия Пенюшина образована от народной формы канонического имени Пантелеймон. В переводе с греческого это имя означает «всемилостивый», но в русской деревенской среде оно звучало проще и короче — Пенюша. От этой обиходной формы и пошла фамилия: Пенюша → Пенюшин → Пенюшина.

Цепочка преобразования выглядит так: полное церковное имя Пантелеймон в быту сокращали до Пантюши, а затем — до Пенюши. Подобные переходы звуков («нт» в «н», смягчение согласных) типичны для живой народной речи, где длинные имена стремились сделать удобными для повседневного произношения. Иногда в основе лежал и вариант Пентелей, который давал те же производные формы.

Судя по модели образования, фамилия Пенюшина закрепилась в среде крестьян или рабочих. В этих сословиях фамилии часто возникали именно от уменьшительных имен, которые человек носил в кругу семьи и односельчан. Патронимический суффикс -ин указывает на принадлежность: Пенюшина буквально значит «дочь или жена Пенюши», а сам Пенюша — потомок человека по имени Пенюша.

Интересно, что фамилия сохранила редкую основу: формы вроде Пенюша встречаются в документах реже, чем привычные Пантюша или Пантелеев. Это делает фамилию Пенюшина локальной и узнаваемой — она привязана к конкретному говору и семейной традиции. Если ваш предок носил эту фамилию, он, скорее всего, происходил из среды, где имя Пантелеймон было распространено, но в обиходе звучало именно в этом, домашнем варианте.