Фамилия Пенюшина восходит к каноническому мужскому имени Пантелеймон, которое в переводе с греческого означает «всемилостивый».В основе же фамилии лежит народная форма этого имени — Пенюша (Пенюша — Пентелей — Пантелеймон). Скорее всего, основатель рода Пенюшиных был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Пантюша, со временем получил фамилию Пенюшина.