Фамилия Пердунохвостин — редкий пример «говорящей» фамилии, где прозвище сложили из двух частей и оформили стандартным русским суффиксом -ин. В отличие от массовых фамилий на -ов, суффикс -ин указывает на принадлежность к лицу женского рода или на прозвище, оканчивающееся на -а/-я. Здесь он присоединён к основе «Пердунохвост», то есть фамилия буквально значит «сын (или потомок) того, кого звали Пердунохвост».

Основа — составное прозвище «Пердун-о-хвост». Первая часть, «пердун», в старых говорах означала не столько физиологический процесс, сколько человека, который «пердит» — то есть делает что-то с шумом, резко или нелепо. В некоторых диалектах слово «пердун» закреплялось за хвастуном или пустым болтуном. Вторая часть, «хвост», могла относиться к внешности (длинный хвост у одежды, природный дефект) или к поведению — «хвостом» в народе называли того, кто постоянно ходит за кем-то, подлизывается. Соединительная гласная «о» типична для сложных слов в русском языке.

Скорее всего, прозвище возникло в крестьянской или посадской среде, где насмешливые двусоставные клички были нормой. Пердунохвостом могли окрестить нерасторопного слугу, неуклюжего работника или, наоборот, суетливого человека, который «и шумно делает, и хвостом вертит». Фамилия закрепилась, когда прозвище перешло к детям как наследственное имя.

Географически фамилия почти не встречается в современных справочниках — это указывает на её крайнюю редкость и, вероятно, локальное бытование в нескольких семьях. В отличие от фамилий вроде Пердунов или Хвостов, составная форма не дала массовых ответвлений. По сути, Пердунохвостин — живой памятник народной языковой игре, где грубоватый юмор соединился с точной бытовой характеристикой человека.