Фамилия Перемышленикова — одна из тех, что сразу выдают связь с конкретным местом на карте. Её основа — топоним Перемышль. Это древний город, и здесь кроется сразу две возможные географические привязки, и обе имеют право на существование.

Первый и самый известный Перемышль — город на западе Украины (ныне Пшемысль), один из старейших русских городов, основанный еще в X веке. Второй — Перемышль в Калужской области, город-крепость на Оке, известный с XIV века. Носитель фамилии Перемышлеников (или Перемышленикова) — это, скорее всего, выходец из одного из этих городов или их окрестностей. Суффикс -ен- в основе указывает на принадлежность: «перемышленский» — тот, кто родом из Перемышля. Модель образования типична для «географических» фамилий: житель города получал прозвище по месту жительства, которое затем закреплялось за его потомками.

Словообразовательный нюанс здесь в том, что фамилия образована не напрямую от названия города (Перемышль → Перемышлев), а от прилагательного «перемышленский» с характерным суффиксальным оформлением. Это редкий случай, когда топонимическая основа «обросла» дополнительным суффиксом, что делает фамилию более тяжеловесной, но и более точной в плане указания на происхождение. Встречается также вариант Перемышлев — он проще и короче, но Перемышлеников звучит как указание на «человека из Перемышля» в более архаичной форме.

Фамилия однозначно недворянская по происхождению. Такие «географические» фамилии чаще всего получали крестьяне, посадские люди или служилые, которые переселялись в другие места и получали прозвище по старой родине. В писцовых книгах XVI–XVII веков можно встретить упоминания «перемышленцев» — выходцев из Перемышля, оседавших в других уездах. Женская форма Перемышленикова — это, соответственно, жена или дочь такого человека.

Споров вокруг корня фамилии практически нет. Версия с польским городом Пшемысль (историческим русским Перемышлем) выглядит правдоподобнее, так как этот город был крупным центром и давал больше переселенцев в центральную Россию, чем калужский Перемышль. Однако полностью исключать и калужский вариант нельзя — оба города существовали и оставили след в антропонимии.