Фамилия Перепелицына образована от прозвища Перепелица, которое восходит к названию небольшой полевой перелётной птицы с тёмно-бурым пятнистым оперением — перепела. Основа здесь прозрачная, а вот суффикс -ын указывает на форму притяжательного прилагательного: Перепелицын буквально значит «сын Перепелицы» или «из семьи Перепелицы». Интересно, что в мужском варианте фамилия склоняется по модели прилагательного, а женская форма Перепелицына сохраняет ту же основу и фактически представляет собой ту же самую фамилию, закреплённую за женщиной.

Давая младенцу прозвище Перепелица, родители могли следовать древней народной традиции: считалось, что если назвать ребёнка именем птицы или зверя, природа станет воспринимать его как своего, и к нему перейдут полезные качества избранного представителя живого мира. Перепел — птица хоть и небольшая, но очень быстрая, ловкая и неутомимая в перелётах, поэтому такое прозвище могло нести пожелание подвижности и выносливости. Возможно также, что Перепелицей в быту называли активного, юркого человека небольшого роста — за сходство с этой птицей в повадках или внешности.

В русской ономастике фамилии от названий птиц — отдельный и очень заметный пласт: Соколовы, Орловы, Соловьёвы и, конечно, Перепелицыны. В отличие от фамилий на -ов и -ев, которые чаще образовывались от имён и прозвищ на твёрдый согласный, форма на -ын здесь закономерна: основа Перепелица оканчивается на -а, и притяжательный суффикс -ын присоединяется именно к таким основам. Это делает фамилию грамматически точной и легко объяснимой без натяжек.

Прозвища по названиям птиц бытовали в крестьянской и посадской среде повсеместно, поэтому утверждать, что все Перепелицыны происходят из одного региона, нельзя. Скорее всего, фамилия возникала в разных местах независимо, каждый раз от одного и того же прозвища. Потомок человека по прозвищу Перепелица со временем и получал фамилию Перепелицын, а для женщин и детей в обиходе закреплялась форма Перепелицына.