Фамилия Пересыпина — женская форма фамилии Пересыпин, и чтобы понять её происхождение, нужно разобраться именно с мужским вариантом. В основе лежит прозвище Пересыпа или Пересыпай. Первое, что приходит на ум — глагол «пересыпать». Но в русской ономастике прямое указание на действие редко бывает единственной версией. Чаще всего прозвища давали по роду занятий, и здесь возможны два основных пути.

Самая прямая версия: Пересыпой могли называть человека, чья работа была связана с пересыпанием сыпучих грузов — зерна, муки, песка. В крестьянском хозяйстве это мог быть мельник или амбарный работник, отмерявший зерно. В торговой среде — лабазник или приказчик, отпускавший крупу и муку на вес. Прозвище закреплялось за человеком, который постоянно что-то пересыпал, и со временем перешло в фамилию через стандартный патронимический суффикс -ин.

Вторая, менее очевидная, но тоже правдоподобная версия — прозвище могло быть связано с глаголом «пересыпать» в переносном смысле. В диалектах «пересыпать» означало «перебирать, перекладывать с места на место», а также «говорить слишком много, сыпать словами». Так могли прозвать болтливого человека или того, кто постоянно суетился, менял решения. Однако для фамилии эта версия слабее: прозвища по характеру обычно образовывались от прилагательных (Молчун, Говорун), а отглагольные формы чаще указывали на профессию.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Пересыпин — сын Пересыпы. Это одна из самых распространённых моделей русских фамилий, особенно в северных и центральных губерниях. Встречаются также однокоренные фамилии Пересыпкин и Пересыпайлов, но они образованы от других вариантов того же прозвища и встречаются реже.

Географически фамилия Пересыпин (и, соответственно, Пересыпина) не привязана к одному региону — она разбросана по всей центральной России, но чаще фиксируется в документах XIX века по Курской, Орловской и Тамбовской губерниям. Это косвенно подтверждает «зерновую» версию: именно в чернозёмной полосе хлебная торговля была основой жизни, и прозвище по работе с зерном было естественным.